Очување и заштита геонаслеђа, репрезентативног сегмента геодиверзитета Србије, представља значајан део савременог концепта заштите природе.

Појмом геонаслеђе обухваћене су појаве и објекти - природна добра са наглашеним геолошким, геоморфолошким, хидролошким, педолошким и археолошким обележјем.

Објекти геонаслеђа Србије штитe се од самих почетака институционалне заштите природе, односно од оснивања Завода, о чему сведоче уредбе о заштити природних објеката геонаслеђа донете још 50-их година прошлог века (Велика и Мала Рипаљка, Пребреза, Ресавска пећина и др.). У почетку су то биле појединачне иницијативе познатих стручњака у овој области, да би се половином 90-их година XX века отпочело са систематским издвајањем, вредновањем и покретањем заштите објеката геонаслеђа, када су у ову делатност активно укључени еминентни стручњаци различитих дисциплина наука о Земљи. За својих 60 година постојања и рада, Завод је развио мрежу заштићених објеката ради очувања записа и сведочанстава прошлости на читавој територији Републике, и тиме допринео да се и геонаслеђе сврста као неодвојива компонента природних вредности.

Нови замах овој области дало је формирање међународних асоцијација које се баве идентификовањем и приказивањем објеката геонаслеђа, као што је Европска асоцијација за конзервацију геолошког наслеђа – ProGEO, чија је чланица и наша земља. Формирањем Националног савета за геонаслеђе (раније Национални савет Србије 1995. године, а затим Национални савет Србије и Црне Горе 2002. године) започета је јединствена пракса заштите геонаслеђа у нас.

Национални савет је, на иницијативу ProGEO, преузео на себе организовање ових послова и формирао 16 радних група са обавезом израде Инвентара гео-објеката по областима за које је свака радна група задужена, уз припремање листе приоритета у односу на значај објеката.

Инвентар објеката геонаслеђа обухвата око 1150 геолошких, палеонтолошких, геоморфолошких, спелеолошких и неотектонских објеката. Завод је до сада заштитио преко 80 објеката геонаслеђа – углавном као споменике природе, док се значајан број објеката нашао у оквирима већих заштићених подручја. У сарадњи са Националним саветом за геонаслеђе, Рударско-геолошким факултетом, Географским факултетом и другим институцијама које се баве проучавањем Земље, Завод је успоставио мрежу сарадње, промоције и популаризације геонаслеђа у Србији.