Рад Завода организован је у оквиру пет одељења, два одсека и једне групе, а на челу Завода је директор. Одељења Завода су Одељење за природна добра, предеоне вредности и просторно-планску документацију, Одељење за геодиверзитет, Одељење за биодиверзитет, еколошке мреже и одрживи развој, Одељење за правне, кадровске и опште послове, као и Одељење за финансијско-материјалне послове. Разноврсност послова које обавља Завод прати мултидисциплинарност стручног тима Завода. У 2019. годину Завод улази са 68 запослених лица, од којих су 57 распоређенa у седишту Завода у Београду, а 11 у Канцеларији у Нишу. Од укупног броја запослених на неодређено време, 42 је са високом стручном спремом.

Кадровски подаци - јун 2022. године