Rad Zavoda organizovan je u okviru pet odeljenja, dva odseka i jedne grupe, a na čelu Zavoda je direktor. Odeljenja Zavoda su Odeljenje za prirodna dobra, predeone vrednosti i prostorno-plansku dokumentaciju, Odeljenje za geodiverzitet, Odeljenje za biodiverzitet, ekološke mreže i održivi razvoj, Odeljenje za pravne, kadrovske i opšte poslove, kao i Odeljenje za finansijsko-materijalne poslove. Raznovrsnost poslova koje obavlja Zavod prati multidisciplinarnost stručnog tima Zavoda. U 2019. godinu Zavod ulazi sa 68 zaposlenih lica, od kojih su 57 raspoređena u sedištu Zavoda u Beogradu, a 11 u Kancelariji u Nišu. Od ukupnog broja zaposlenih na neodređeno vreme, 42 je sa visokom stručnom spremom.

Kadrovski podaci - jun 2022. godine